Резултати секвенцирања сљедеће генерације (NGS, Next Generation Sequencing) комплетног генома SARS-CoV-2 у Институту за јавно здравство Републике Српске


У Служби за микробиологију Института за јавно здравство Републике Српске, у периоду од 28. јуна до 02. јула од 36 изабраних PCR позитивних  узорака, секвенцирано је 17 репрезентативних узорака комплетног генома SARS-CoV-2 вируса. Опрема, NGS друге генерације, на којој је рађено секвенцирање је донација Свјетске здравствене организације и у рангу је са опремом других референтних лабораторија у Европи. Ријеч је о досада најбоље развијеној методи за истраживање мутација SARS-CoV -2 вируса. Вируси су подложни сталним промјенама што је посљедица њихове еволуције и борбе за опстанак. Настале варијанте могу бити од значаја (Variant of concern - VOC или од интереса Variant of interess - VOI). Варијанте од значаја утичу на епидемиолошку и клиничку слику као и имуни одговор. Варијанте од интереса су у фази истраживања односно имају значајну несигурност. Циљ је да се не користе само и искључиво критерији медицинске дијагностике већ и могућности молекуларне биологије. Ова технологија открива присутност SARS-CoV-2 вируса али истовремено даје информације о конкретном генетском материјалу вируса. 


У претходном периоду, у од 13. до 16. априла, је од 31 изабраних PCR позитивних  узорака секвенцирано 13 репрезентативних узорака комплетног генома SARS-CoV-2 вируса.

На NGS апарату потврђено је да се код 29 узорака (96,6%) ) ради о  лози Б.1.1.7 познатој као Variant of Concern  (VOC -202012/1), алфа сој, који је први пут доказан у УК 20. септембра 2020., док је један узорак Б. 1.1. варијанта која не треба да изазива забринутост. Анализирани узорци су из домова здравља:   Бања Лука (3), Челинац (3), Лакташи (3), Котор Варош (5), Рибник (1), Србац (1), Приједор (4) и Мркоњић град (4), Кнежево (1),  те из Опште болнице Приједор (2), Општа болница Источно Сарајево (1),  Универзитетска болница Фоча (2). Остале варијанте код нас за сада нису потврђене.

Све секвенце су објављене у међународној бази GISAID ради приказа кретања мутација сојева SARS-CoV-2 вируса. Ријеч је свјетској научној иницијативи и примарном извору који нуди отворени приступ подацима о геному корона вируса.

 

Припремила: др Пава Димитријевић, начелник Службе за микробиологију у Институту за јавно здравство Републике Српске

 

        

 




Број отварања: 270
Датум објаве: 13.07.2021.